両立支援等助成金（不妊治療及び女性の健康課題対応両立支援コース）とは？各30万円
制度概要
- 対象地域
- 全国
- 主な対象者
- 全業種・全国の中小企業事業主のうち、不妊治療、月経（PMSを含む）、更年期のいずれかの健康課題に対応する両立支援制度を労働協約又は就業規則に整備し、対象労働者に合計5日（回）以上利用させた事業主
- 補助率
- 定額。詳細は本文参照
- 上限額
- 90万円（詳細は本文参照）
- 申請期限
- データなし
対象となる可能性がある事業者の例です。詳細な要件は本文および公式ページでご確認ください。
公開日 2026-09-11 ／ 最終更新日 2026-09-11 ／ 情報確認日 2026-09-11 ／ 公式ページを見る
この助成金の結論
福田（聞き手）
白石さん、今回は「両立支援等助成金（不妊治療及び女性の健康課題対応両立支援コース）」について聞きたいです。名前を見ると、不妊治療だけでなく女性の健康課題も対象になっているようですが、どんな制度ですか。
白石みなと（補助金活用アドバイザー）
はい。支給要領によると、この助成金は不妊治療、月経（PMS〈月経前症候群〉を含む）、更年期といった女性の健康課題に対応するために利用可能な両立支援制度を利用しやすい環境整備に取り組み、労働者の相談に対応し、実際に制度を利用させた中小企業事業主に支給するものです。目的は「職業生活と家庭生活との両立支援に関する取組を促し、もって労働者の雇用の安定に資すること」とされています。両立支援等助成金には6コースありますが、その中でも新設に近く、注目度が高いコースの1つです。まず全体像を表にします。
| 項目 | 内容 |
|---|---|
| 制度名 | 両立支援等助成金（不妊治療及び女性の健康課題対応両立支援コース） |
| 実施機関 | 厚生労働省 |
| 助成パターン | 不妊治療／女性の健康課題対応（月経）／女性の健康課題対応（更年期）の3パターン |
| 対象事業主 | 中小企業事業主のみ |
| 対象業種 | 全業種 |
| 対象地域 | 全国 |
| 上限額 | 3パターンすべてを満たすと合計90万円 |
| 受付期間 | 通年。公募のような一律の締切日は無く、申請期限は制度利用の状況ごとに個別に決まる |
福田
3つのパターンというのは、それぞれ別々の助成金と考えたほうがいいんでしょうか。
白石みなと
そう考えたほうが分かりやすいです。支給要領は「イ 不妊治療」「ロ 女性の健康課題対応（月経）」「ハ 女性の健康課題対応（更年期）」という3つの場合に助成すると定めていて、それぞれに支給要件と支給額が別立てで規定されています。1つの制度を導入すれば自動的に3つとも満たす、という作りではありません。次の章から、まず対象になる事業者、それから3パターンに共通する両立支援制度の中身という順に見ていきましょう。
対象になる事業者
福田
対象になる事業者の条件を教えてください。
白石みなと
支給対象は中小企業事業主のみです。特定事業主のような広い枠はこのコースには無く、共通要領0202が定める中小企業事業主に該当する必要があります。
福田
中小企業かどうかは、いつの時点で判定するんですか。
白石みなと
支給申請日の属する月の初日における資本金等の額、または企業全体で常時雇用する労働者の数で判定する、と支給要領0201に明記されています。申請の当日ではなく、申請日が属する月の1日時点という点がポイントです。業種ごとの具体的な資本金・労働者数の基準額は、このコースの支給要領本体には数値までは記載がなく、雇用関係助成金に共通する「共通要領」が定めるところによります。業種ごとの基準額は、両立支援等助成金の6コースを比較する記事の表にまとめていますので、そちらでご確認ください。
福田
中小企業事業主であれば、それだけで対象になりますか。
白石みなと
いいえ、除外される場合もあります。支給申請日の前日から起算して1年前の日から支給申請日の前日までの間に、男女雇用機会均等法、労働施策総合推進法、女性活躍推進法、パートタイム・有期雇用労働法、育児・介護休業法、次世代育成支援対策推進法のいずれかについて重大な違反があり、助成金を支給することが適切でないと認められる場合は、支給要件を満たしていても支給されません（支給要領0302 不支給要件）。
福田
不妊治療や女性の健康課題への対応というと、女性しか対象にならないイメージがありました。
白石みなと
そこは誤解しやすいところです。3パターンで男女の扱いが違います。不妊治療は性別を問わず利用できる制度であることが必須で、女性労働者だけを対象にした不妊治療休暇制度を設けても、それだけでは対象になりません（Q&Aでも明確に否定されています。詳しくは後述します）。月経は、雇用形態を問わず月経に起因する症状へ対応する女性が利用できる制度であることが必要です。更年期は、少なくとも女性が利用できる制度であることが必要ですが、全労働者が利用できる制度にした場合も、その望ましい制度は当然に支給対象になります。つまり更年期は、会社が任意で男性にも制度を広げても不利にはなりません。
①〜⑥ 対象となる両立支援制度
福田
実際にどんな制度を作れば対象になるんでしょうか。
白石みなと
支給要領は6種類の制度イ〜ヘを挙げていて、このうち1つ以上を導入すればよく、6つ全部を揃える必要はありません。表にします（不妊治療の場合の名称で示しますが、月経・更年期もまったく同じ6種類の枠組みです）。
| # | 制度 | 内容 |
|---|---|---|
| ① | 休暇制度 | 多様な目的で利用できる休暇制度・利用目的を限定しない休暇制度を含む。労働基準法第39条の年次有給休暇は除く |
| ② | 所定外労働制限制度（残業免除） | 所定労働時間を超えて労働させない制度 |
| ③ | 時差出勤制度 | 1日の所定労働時間を変更せず、始業・終業時刻を繰り上げ又は繰り下げる制度 |
| ④ | 短時間勤務制度 | 1日の所定労働時間を1時間以上短縮する制度 |
| ⑤ | フレックスタイム制 | 一定期間の総労働時間の範囲内で、労働者が始業・終業時刻を自ら決めて利用できる制度 |
| ⑥ | 在宅勤務等 | 事業主の指示の下、自宅等でICTを活用した勤務を含めて業務を行うことができる制度 |
福田
「1つ以上でよい」というのは、Q&Aにも書いてあるんですか。
白石みなと
書いてあります。「支給要領に記載されている3つの休暇等の制度の全てについて、制度化する必要があるのですか」という質問に対して、「全てを網羅する必要はありません」と明確に回答しています。さらに、不妊治療・月経・更年期のそれぞれに別々の休暇制度を用意する必要もなく、多目的の休暇制度の中にいずれかへの対応が含まれていれば足りる、とされています。
福田
①の休暇制度は、年次有給休暇じゃだめなんですね。
白石みなと
そうです。労働基準法第39条の年次有給休暇そのものは対象から除かれています。ただし、失効した年次有給休暇を不妊治療や女性の健康課題対応のために使える制度にしている場合は、対象になります。また月経のパターンだけは、労働基準法第68条の生理休暇（無給でよいとされる法定の措置義務）とは別に、年次有給休暇と同等の給与を支給する「有給の生理休暇」を設けていれば、それも対象に含まれます。この有給・無給の扱いは3パターンで違いがあるので、あとの「つまずきポイント」で改めて説明します。
主な支給要件
福田
実際に支給されるための要件を教えてください。
白石みなと
不妊治療・月経・更年期のいずれも、次の4つの構造は共通しています。
| # | 要件 |
|---|---|
| ① | 導入した両立支援制度と、制度利用の手続き・賃金の取扱い等を、労働協約又は就業規則に規定し、労働者に周知していること |
| ② | 労働者からの相談に対応する両立支援担当者を選任していること |
| ③ | 対象労働者に、各制度のいずれか又は組み合わせで、所定労働日において合計5日（回）以上利用させたこと |
| ④ | 対象労働者について、制度利用開始日から申請日まで、雇用保険被保険者として継続雇用していること |
福田
①と②は、いつまでに済ませておく必要がありますか。
白石みなと
ここが順番を間違えやすいところです。支給要領は、①の規定整備等は「対象労働者による両立支援制度の利用開始日の前日までに実施するものであること」、②の両立支援担当者の選任も「対象労働者が利用を開始する日の前日までに選任していること」と定めています。制度を使わせてから就業規則を整えたのでは、順番が逆です。就業規則の整備と担当者の選任は、対象労働者が最初に制度を使う前に終えておく必要があります。
福田
従業員10人未満の小さな会社でも対象になりますか。
白石みなと
なります。就業規則の作成・届出義務がある「常時10人以上」に満たない事業場については、就業規則そのものが無くても、導入した制度・手続き・賃金の取扱い等が明文化され、全労働者に周知されていれば足りるとされています。周知の方法も、メール送信・回覧・掲示・配付などで日付が確認できるものであればよい、と例示されています。
福田
②の両立支援担当者は、誰でもなれるんですか。
白石みなと
事業主自身、または雇用する労働者の中から選任するのが基本です。外部の専門家に委ねることもでき、支給要領では社会保険労務士、産業医等が例示されています。Q&Aでは社会保険労務士、または医療関係の国家資格を持つ方であれば選任できると案内されていて、キャリアコンサルタントのような労務・医療のどちらでもない資格については、労務管理に携わる社員を選ぶことが基本という整理がされています。
福田
④の「雇用保険被保険者として継続雇用」というのは。
白石みなと
制度を使う本人が、雇用保険の被保険者である必要があるということです。ここは①〜⑥の制度そのものの利用対象者とは分けて考える必要があります。制度を利用できる人自体は雇用保険被保険者でない人（週の所定労働時間が短いパートタイム労働者等）も含める必要があるのですが、助成金の支給対象としてカウントされる「対象労働者」は雇用保険被保険者に限られます。この違いは後ろの「つまずきポイント」でもう一度扱います。
「5日（回）」の数え方
福田
支給要件の③、「合計5日（回）以上」というのが一番分かりにくいところだと聞きました。
白石みなと
はい、ここが最大のつまずきポイントです。1つずつ整理します。まず大原則として、対象労働者1人が、①〜⑥のいずれかの制度、または複数の制度を組み合わせて、所定労働日に合計5日（回）以上利用する必要があります。利用期間は、制度の利用を開始した日から1年以内でなければなりません。
福田
「日」と「回」が両方書いてあるのは、なぜですか。
白石みなと
時間単位の利用も認められているからです。休暇制度や残業免除などは1日単位でなくても構いませんが、5日間に分けて利用する必要があります。ここで数え方のルールが2つに分かれます。
| ケース | 数え方 |
|---|---|
| 同日に同一の制度を利用した場合（例：休暇制度を始業時に1時間、終業時に1時間ずつ利用） | 1回とカウント |
| 同日に別々の制度を利用した場合（例：在宅勤務等と短時間勤務制度を同じ日に利用） | それぞれ1回とカウント |
福田
同じ日でも、制度が違えば2回分になるということですね。
白石みなと
そのとおりです。逆に言えば、同じ制度を同じ日に何時間かに分けて使っても、それは1回にしかなりません。「今日1時間、今日また1時間」を2回と数えて申請すると、実績が足りない扱いになります。
福田
利用したこと自体を、どう証明するんですか。
白石みなと
出退勤時間がタイムカードや出退勤記録簿等の書面で確認できることが前提です。出勤簿への押印だけで出退勤管理をしている場合は、支給対象になりません。ただし①の休暇制度と⑥の在宅勤務等については、この書面確認のルールの例外として扱われています。また、変形労働時間制・フレックスタイム制・事業場外労働制・裁量労働制や、労働基準法第41条にあたる管理監督者等については、①休暇制度と⑥在宅勤務等の2つだけが対象になり、②〜⑤の所定外労働制限・時差出勤・短時間勤務・フレックスタイムは対象外です。もともと所定労働時間の管理になじまない働き方だからだと考えられます。
福田
多目的の休暇制度を使った場合、5日のうち何日が不妊治療のための利用か、どうやって確認するんですか。
白石みなと
そこも支給要領に明記があります。多目的休暇や失効年次有給休暇のように利用目的を限定しない制度を使う場合、その日数が不妊治療・月経・更年期のために利用されたと確認できない日数は、5日（回）に算定されません。休暇届や申請書に理由を書いてもらうなど、あとから目的が分かる記録を残しておくことが実務上重要になります。
支給額の内訳
福田
金額の面を整理してください。
白石みなと
3パターンとも金額の作りは同じです。
| 助成パターン | 支給額 |
|---|---|
| 不妊治療 | 30万円 |
| 女性の健康課題対応（月経） | 30万円 |
| 女性の健康課題対応（更年期） | 30万円 |
| 3パターンすべて満たした場合の合計 | 90万円 |
福田
1人が制度を使うたびに30万円もらえるわけではないんですよね。
白石みなと
そこが誤解しやすい点です。支給要領には「1中小企業事業主当たり、支給要件を満たす最初の対象労働者が生じた場合、1回限り支給する」と明記されています。人数分もらえる制度ではなく、会社単位で、各パターンにつき最初の1人分が出たときの1回きりの支給です。2人目、3人目が同じパターンを使っても、追加の支給はありません。
福田
3つのパターンを同じ年度に重ねて受給することはできますか。
白石みなと
できます。同一年度内（各年4月1日から翌年3月31日まで）に、たとえば月経のパターンを受給していても、それとは別に不妊治療や更年期のパターンを満たせば、それぞれ受給できます。対象労働者が同一人物であっても構わない、とも明記されています。1人の労働者が不妊治療と月経の両方の制度を使った場合でも、それぞれ独立してカウントされます。
福田
過去に似た名前の助成金をもらったことがある会社はどうなりますか。
白石みなと
注意が必要です。過去に「両立支援等助成金（不妊治療両立支援コース）」という旧コースを受給したことがある中小企業事業主は、不妊治療のパターンを再び受給することはできません。ただし、これは不妊治療のパターンだけの話で、月経・更年期のパターンは新たに要件を満たせば対象になります。
申請の時期・申請先
福田
申請の時期を教えてください。
白石みなと
対象労働者の制度利用が合計5日（回）を経過する日の翌日から2か月以内です。3パターンとも共通のルールです。この助成金にはjGrantsのような一律の公募締切日が無く、対象労働者が出るたびに、その人の利用実績を起点に申請期限が決まります。
福田
申請先はどこになりますか。
白石みなと
申請事業主の本社等（人事労務管理の機能を有する部署が属する事業所）の所在地にある都道府県労働局雇用環境・均等部（室）です。本社等は登記上の本店とは異なる場合があるので、そこは確認してください。
福田
郵送で送るときの注意点は。
白石みなと
配達記録が残る方法（簡易書留など）で送る必要があります。支給要領には「消印の日付が申請期間内であっても、管轄労働局への到達日が申請期限を徒過していた場合には、申請期間内に申請されたとは認められない」と明記されています。消印ではなく到達日で見られる、期限内必着のルールです。余裕をもって送ることをおすすめします。
福田
提出する書類はどんなものですか。
白石みなと
各パターンで共通して、支給申請書（様式第1号①②）に加えて、支給要件確認申立書（電子申請なら不要）、そして次の書類の写しが必要です。労働協約又は就業規則等の該当部分、制度利用実績が確認できる書類（出退勤記録簿・タイムカード・特別休暇の取得が分かる管理簿・制度利用申出書等）、対象労働者の雇用形態と所定労働日が確認できる書類（雇用契約書・労働条件通知書・会社カレンダー・勤務シフト表等）です。短時間勤務制度を使った場合は、利用前後の賃金台帳も追加で必要になります。このほか、管轄労働局長が疑義に応じて追加で求める書類として、病院の受診日・治療期間・病院名が確認できる書類、診断書、医療費の領収書、不妊治療連絡カード等が支給要領に例示されています。
Q&Aから見つけた実務上の落とし穴
福田
ここまでで十分細かいと思いますが、それでもよくある間違いはありますか。
白石みなと
Q&Aには、まさに読者が迷いそうな質問が並んでいます。3つ紹介します。
1つめ。不妊治療の休暇制度を、女性だけを対象にして作ってしまうケースです。「不妊治療について、男性労働者も対象となるとのことですが、女性労働者のみを対象とした不妊治療のための特別休暇制度を設けただけでは対象とはならないのでしょうか」という質問に対し、「男女問わず不妊治療のための制度の対象とする必要があります」と明確に否定しています。不妊治療は男性が行う場合もあるため、制度の対象を女性に絞った時点で、このコースの要件を満たしません。
2つめ。月経の休暇制度を無給のままにしてしまうケースです。ここは3パターンの中で唯一、扱いが違います。法律上、月経で就業が著しく困難な場合の休暇（労働基準法第68条）は無給でもよいとされていますが、Q&Aは「無給の休暇とした場合は、あくまで法律の規定に沿った対応をしたに過ぎず、本支援制度の対象とはならない」と回答しています。月経のパターンで休暇制度を対象にするには、年次有給休暇と同等の給与を支給する「有給の生理休暇」にする必要があるということです。一方で、不妊治療と更年期の休暇制度は無給でも支給対象になります（Q&Aで明言されています。ただし労働者が利用しやすいよう有給とすることが望ましい、とも案内されています）。3パターンのうち月経だけ有給が必須という、非対称なルールなので、就業規則を作るときは注意が必要です。
3つめ。残業がそもそも無い人に、残業免除制度を「使わせた」ことにしてしまうケースです。「日頃から残業がなく、今後も残業の見込みがない労働者についても当該制度を利用したとすることができるのでしょうか」という質問に、「もともと所定外労働が見込まれない労働者については、利用したとはいえないと考えられる」と回答しています。制度を紙の上で整えるだけでなく、実際にその労働者に残業が発生し得る状況で免除した、という実態が必要です。提出書類だけで判断できない場合は、都道府県労働局から追加の資料を求められることもある、とされています。
福田
パートタイマーの扱いについても何かありましたか。
白石みなと
はい、もう1つだけ付け加えます。雇用保険料を支払っていない短時間勤務のパートタイム労働者を含めて休暇制度を作った場合、そのパートタイム労働者本人が制度を規定以上利用しただけでは、支給要件を満たしません。休暇等の支援制度そのものは、雇用保険被保険者でない人も対象に含める必要があるのですが、助成金の支給要件としてカウントされるのは、雇用保険被保険者が利用した場合に限られるとQ&Aは説明しています。「制度の対象範囲」と「支給要件としてカウントされる利用実績」は別の話として理解しておく必要があります。
公式情報・問い合わせ先
福田
問い合わせ先を教えてください。
白石みなと
申請先と同じく、申請事業主の本社等の所在地を管轄する都道府県労働局雇用環境・均等部（室）です。なお、この助成金の支給申請書類の提出代行・事務代理は社会保険労務士法に基づいて社会保険労務士のみが行うことができる業務で、行政書士が「提出代行者」「事務代理者」として申請を行うことはできない、と共通事項のQ&Aに明記されています。
福田
最後に、正確な情報はどこで確認できますか。
白石みなと
厚生労働省が公開している2026（令和8）年度版の「両立支援等助成金 支給申請の手引き」が出典です。
福田
ありがとうございました。
白石みなと
本記事は厚生労働省が公開している令和8年度版の支給要領・Q&Aをもとにしています。制度の内容・要件・支給額は年度によって改定されることがありますので、申請前には必ず最新の資料をご確認ください。
なお、対象になり得るかどうかは事業主ごとの両立支援制度の整備状況や労働者の利用実績によって個別の判断になりますので、「対象です」と断定はできません。また、本助成金の支給申請書の作成代行・提出代行は社会保険労務士の独占業務です。当方では申請書の作成・提出の代行は行っておりません。制度情報の提供と、必要に応じた社会保険労務士のご紹介までとさせていただきます。
あなたの会社に合う補助金を探してみませんか
この記事は「両立支援等助成金」6コースのうちの1つです。他の5コースと見比べたい場合は、両立支援等助成金の6コースを比較する をご覧ください。
白石みなと
いずれも同じ両立支援等助成金の他コースですが、対象になる要件はこのコースとはそれぞれ異なります。対象になり得るかは、各制度のページで個別にご確認ください。併給の可否は各制度の実施機関にご確認ください。
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